یکی از آخرین ویژگی های امنیتی واتساپ پیام های ناپدید شو است، که در حال حاضر این ویژگی برای اندروید در دسترس است و به زودی برای کاربران iOS نیز ایجاد می شود. گفته شده است که این ویژگی هم اکنون در حال آزمایش روی نسخه بتا اپلیکیشن واتساپ است اما مطمئنا به زودی برای نسخه نهایی iOS آماده خواهد بود.
پیام های ناپدید شو فقط شامل پیام متنی نمی شود بلکه عکس و فیلم ها هم این قابلیت را دارند، هنگامی که گیرنده فایل را باز می کند بعد از چند ثانیه از بین می رود. ناپدید شدن فایل های عکس و فیلم در واتساپ چیزی شبیه به عکس یا فیلم هایی است که می توان در صفحه چت اینستاگرام فرستاد. این ویژگی view once به معنی یک بار دیدن نام دارد و برای بهره بردن از آن باید برای هر دو طرف چت در دسترس باشد.
یک تایمر اختصاصی نیز برای پیام های ناپدید شو در قسمت ورودی متن وجود دارد که می توان مدت زمان پایداری پیام را با آن مشخص کرد. علاوه بر آن هنگامی که گیرنده پیام را باز می کند، به فرستنده اطلاع داده می شود. با این حال علی رغم تلاش های واتساپ در امن کردن چت ، هیچ تضمینی وجود ندارد که گیرنده قبل از اینکه پیام ناپدید شود از آن اسکرین شات نگیرد.